İsmailağa Kur’ân Kursu 7 Ekim 1979 yılında İsmailağa Camii medresesinde Diyanet İşleri Başkanlığı’nın izniyle İstanbul Fatih Müftülüğüne bağlı olarak eğitim ve öğretime başlamıştır. Kur’ân eğitim ve öğretimindeki başarısı sebebi ile kısa zamanda memleketimiz insanının yoğun ilgisine mazhar olan İsmailağa Kur’ân Kursu ihtiyaca binaen cami avlusundaki medreseden yeni yapılan ve halen eğitim ve öğretim faaliyetlerinin sürdürülmekte olduğu binasına taşınmıştır. 8 yıllık zorunlu öğrenimini tamamlayan öğrencilerin kabul edildiği İsmailağa Kur’ân Kursu’nda Diyanet İşleri Başkanlığının müfredatı uygulanır. 20’şer kişilik sınıflarda Kur’ân-ı Kerîmî yüzünden, doğru ve hızlı okumayı öğrenen öğrenci yapılan imtihanda başarılı olduktan sonra hafızlık yapmak üzere hafızlık bölümüne ayrılır.
Bu esnada kendisine talim, tecvid, tashihi huruf, aşr-ı şerîf okuma, itikat, ibadet, siyer bilgileri öğretilir ve ahlaki değerler kazındırılmak suretiyle iyi bir müslüman ve vatandaş olarak hayata hazırlanmaya çalışılır. Ayrıca yaz döneminde de ilköğretimin 5.ci sınıfını tamamlamış olan ilköğretim ve lise öğrencilerine Diyanet İşleri Başkanlığı müfredatı çerçevesinde 9 haftalık yaz Kur’ân Kursu programı uygulanır. Kurs binası iki bodrum ve altı normal kattan oluşmaktadır.
