Tarih1857 yılında Vali Mustafa Paşa döneminde temeli atılan İzmir-Aydın Demiryolu (ORC)'nun başlangıcında yer alan Alsancak Garı 1858 yılında hizmete girmiştir. Hat 1866'da açılmış ve yoğun olarak kullanılmaya başlanmıştır. Başlangıçta ORC'ye ait olan istasyon, 1935'de ORC'nin satın alınıp feshedilmesiyle TCDD’ye geçmiştir. 2001 yılında tüm hatlar elektriklendirilerek, hat sayısı 4'ten 10'a, platform sayısı ise 2'den 6'ya yükseltilmiştir.İstasyon 1 Mayıs 2006 tarihinde İZBAN projesinin inşaatı kapsamında kullanıma kapatılmış, projesinin tamamlanmasıyla birlikte 19 Mayıs 2010 tarihinde tekrar hizmete girmiştir. İstasyonun kapalı kaldığı 4 yıl dönemde istasyon içerisinde Nil Karaibrahimgil ve Sıla Gençoğlu konserleri gerçekleşmiştir.Günümüzde istasyonu İZBAN'ın Merkez Hattı trenleri, İzmir Mavi Treni (Ankara yönünde), Karesi Ekspresi (Ankara yönünde), 6 Eylül Ekspresi (Bandırma yönünde), 17 Eylül Ekspresi (Bandırma yönünde), Alsancak-Uşak Bölgesel Treni (Uşak yönünde) ve Ege Ekspresi (Afyon yönünde) kullanmaktadır.